C’est en 1887 que débutaient les travaux de l’école libre de filles de Mirebeau sur Bèze.
L’établissement fut ouvert avec l’arrivée des religieuses.
En 1905, la loi de séparation de l’Eglise et de l’Etat obligea les sœurs à quitter l’école. Elles s’installèrent provisoirement rue notre Dame tout en continuant leur enseignement.
Les religieuses regagnèrent l’école en 1943 : ce fut l’arrivée des sœurs de la Providence de Peltre, congrégation localisée en Moselle. A cette époque l’établissement scolaire comptait deux classes : une section enfantine et une section primaire.
Les enfants des villages éloignés pouvaient rester à l’internat situé à l’étage du bâtiment.
La vie de l’école étaient rythmée par de nombreuses activités : le catéchisme et la projection de films le jeudi, la kermesse le premier dimanche de Juillet etc. Le dimanche, des activités pour les enfants étaient organisées dans la salle du « Patronage » (classe maternelle actuelle). On y proposait des jeux et des promenades.
Les religieuses quittèrent définitivement l’établissement en 1961 et furent remplacées par des institutrices laïques.
Dès 1960, l’établissement privé signa un contrat avec l’Etat.
L’école devint mixte en 1965 et depuis de nombreuses améliorations furent apportées : rénovation des toilettes extérieures puis installation de toilettes intérieures, peintures, chauffage…… Cette réfection a été assurée par les parents et les enseignants.
En 1995, une troisième classe fut ouverte et ce fut en 1998 que l’établissement prit le nom « Ecole Saint Nicolas ».
L’école a été entièrement rénovée en 2003. Une extension a été réalisée à l’arrière du bâtiment permettant de créer une salle d’accueil périscolaire.
En 2010, l’école Saint Nicolas bénéficie du projet ENR (Ecole Numérique Rurale) et se voit attribuer un TBI. Rapidement, un second TBI est installé dans la seconde classe primaire.
Mai 2012, l'école est vue de la rue. Une enseigne réalisée par les élèves d'un lycée professionnel privé est installée sur la façade du bâtiment.
Eté 2018, les travaux de rénovation sont réalisés dans la cour . Des jeux sont intégrés dans le revêtement enrobé. Des espaces verts sont dessinés autour des arbres et deux arbres fruitiers sont plantés.
L’école compte aujourd’hui environ soixante-dix enfants.